Thực tập Tin - Sinh

Tuần sau là nộp bài tập lần 2 rồi, bạn nào có thắc mắc gì muốn thảo luận, hoặc làm rồi có nhã ý chia sẻ cho mọi người thì vào mục này nhé!

Bài tập tổng hợp: bài 2 - bài 11 (bài 12 & 13 đã làm trên lớp)
http://www.mediafire.com/?z2wqn4z2mj5

Đây là bài tập của bạn white_coffe gửi sáng 13/5, từ bài 2 - bài 13 (chưa có bài 10):
http://megashare.vnn.vn/download.php?id=71342F265

P/s: đã xóa topic bị trùng lặp

cám ơn hai bạn thiệt nhiều nhe

Tui có vài điều cần hỏi:
1. Câu 9: tôi có xem câu 9 mà các bạn đã up lên, thật sự câu này tôi không rõ cho lắm, nhưng theo tôi việc đầu tiên mình nên làm là tìm ORF (theo một bạn trong lớp đã hướng dẫn tôi), khi đó ta tìm đc một trình tự dài 459bp --> gen bar -->vị trí của nó trong bộ gen. Dựa vào vị trí cắt của enzyme ta có thể suy ra đc, gen bar có bị cắt hay k? ở đây gen bar sẽ bị cắt tại 2 điểm. Mong các bạn góp ý kiến!
2. Thật sự tôi không hiểu câu 10c/d hỏi cái gì luôn làm ơn giải thích và giải dùm tôi với!

3. À, theo một bạn trong lớp nói bộ gen của Streptomeces hygrococcus là mạch vòng. Tôi có thử tìm kiếm nhưng không thấy .Có bạn nào biết thì chỉ giáo dùm!
4. Giải thích lại dùm tui ý nghĩa của lq (query), ld(database), la, công thức tính query coverage.
Cảm ơn nhiều!

Mình muốn nói về bài 9 bạn thank_you ah. Uhm. Sau khi tìm ORF,ta đã xác định được vị trí của gen Bar. Ở đây, mình đã xác định vị trí của nó là từ nu thứ 379--> nu thứ 837 của DNA bộ gene. Và trong khoảng này, enzyme RsaI có 3 vị trí cắt chứ không phải 2. Vị trí cụ thể: 574, 755, 773. Kết quả thế nào thì bạn tự suy ra được rồi.
Đây chỉ là ý kiến của mình, bạn xem và tham khảo thêm nha. Còn câu d bài 10, hix, chép đại của đứa nào đi bạn. chả hiểu ji.

Àh, 3 vị trí, nhớ lộn, thanks Bily nha!

Tui đồng ý với ý kiến của Bily, nhưng đọc kĩ lại câu hỏi thì hình như chúng ta chỉ có thể trả lời là đứt gãy trên có thể ảnh hưởng tới biểu hiện gene bar mà thôi vì còn nhiều vị trí cắt khác của enzyme ngoài 3 vị trí trên. Nhỡ như kẻ vô tình đó chỉ làm đứt ở những vị trí kia thì sẽ ko ảnh hưởng gì đến gene bar của chúng ta.

uhm. Đúng vậy, nhưng cũng ko thể nói là ko ảnh hưởng được. Nếu kẻ đó làm đứt gãy tại vị trí cắt giới hạn của RsaI và vị trí này lại nằm từ vị trí 379-->837( vị trí gene Bar) thì sao? Vậy nên câu trả lời đúng nhất phải là: tùy thuộc vào vị trí cắt giới hạn nào của RsaI để quyết định câu trả lời có hay ko.

- Trung hoàn toàn đồng ý với ý kiến của 2 bạn. Ở bài 8 & 9 phải đi tìm ORF trước, sau đó lấy ORF nào mã hóa 226 aa [bài 8] hoặc dài 459 bp [bài 9] đi kiểm tra lại như: dịch mã, tìm trình tự con, lập bản đồ enzyme cắt giới hạn...nếu vẫn đúng thì đó chính là trình tự mình cần tìm.
- Uhm, tùy thuộc vào vị trí đứt gãy mà mức độ ảnh hưởng là khác nhau, nhưng trong bài này tui thấy nó không ảnh hưởng đến ORF nên kết luận là không ảnh hưởng đến sự biểu hiện của gene bar. Như vậy có kết luận sai không, chỉ giùm.
- Bài 10c ý câu hỏi là: cho biết độ tương đồng giữa trình tự yêu cầu (genome.txt) với trình tự tương đồng nhất, theo kết quả sau khi BLAST thì Trung thấy là 100%. Và độ tương đồng càng cao thì phản ánh 2 trình tự đó càng tương đồng (trường hợp 100% có lẽ cùng 1 loài => câu 10b)
- Bài 10d, thay vì tìm CSDL nr người ta cho tìm trên người (human genomic), căn cứ vào kết quả mà trả lời. Câu này Trung đang thắc mắc là sau khi BLAST thì không cho kết quả, nên chưa hiểu tại sao, không biết có phải làm sai hay không? (trả lời đại là không tương đồng)
Đây là ý kiến cá nhân của Trung, bạn nào thấy không hợp lý thì chỉ giùm nha...đang bí

Theo tui thì Query coverage là tỉ số giữa chiều dài vùng tương đồng của trình tự gốc trên trình tự tương đồng (sau khi sắp gióng cột) và độ dài của trình tự gốc.

Không. bạn Trung xem lại reply của bạn Bily đi
Dựa vào ORF ta biết dc gen bar nằm ở vị trí 379-837, còn enzyme thì cắt ở 7 vị trí: 574, 755, 773, 1390, 1508, 1513, 1850

Bộ gen của Streptomeces hygrococcus là mạch vòng thì ko có ảnh hưởng gì đến bài này. Còn tìm sao thì tui
"lq (query), ld(database), la" là gì vậy?

Uhm, đúng là Trung hiểu sai đề rồi. Cảm ơn bạn thank_you đã nhắc. Như vậy tùy thuộc vào bị đứt gãy trùng hợp với vị trí nào trong 7 vị trí cắt của enzyme (có rơi vào ORF hay không) thì mình mới kết luận mức độ ảnh hưởng như thế nào đến gene bar đúng không?

Thấy ghét dễ sợ.
Mấy cái đó là thành phần trong công thức tính Query coverage và Max ident. Hôm bữa học chui lớp thầy Nam nên biết.

cho thắm hỏi cái này nhe. ở câu 5 đó, sau khi tim dc trình tự DNA3, lưu xong roi, sau do mở lên, th insert hoài ko dc. báo lỗi là phải để đuôi .txt. jay làm sao chuyển đây

Bài 5 sau khi reverse thu được trình tự DNA3, Thắm tô đen trình tự -> edit (copy) -> vào menu sequence -> new sequence -> edit -> insert sequence from clipboard sẽ thu được DNA3. Sau đó vào sequence (trong bảng edit sequence luôn) -> add new sequence to project để gọi ra trình tự DNA3 rồi export về máy ở dạng FASTA bình thường.

thank_you đã viết:Thấy ghét dễ sợ.
Mấy cái đó là thành phần trong công thức tính Query coverage và Max ident. Hôm bữa học chui lớp thầy Nam nên biết.
Cho hỏi thêm: Câu 4, có bao nhiêu chuỗi polypeptide_tui nhận dc KQ là 78? mình lấy minimal ORF length là bao nhiêu_tui dc chỉ là 0 --> đúng không? Nếu đề kho nói đến minimal ORF length thì mình chọn bao nhiêu? Quên mất rồi!

Bạn thank_you cho mình hỏi tí nha: bạn làm sao để có kết quả là 78 chuỗi polypeptide vậy?

Tui ko biết minimal ORF là bao nhiêu nhưng -> 0 thì chắc chắn là ko đc. Lấy = 50 đi

Ở câu 8, mình ko hiểu làm sao để xác định gene cryA, có phải tìm bằng cách tiềm trình tự con ko. nếu tìm bằng cách này thì dữ kiện 226 aa áp dụng như thế nào. huhuhu... thực hành rồi mà sao ko nhớ j, làm phiền mấy bạn nhe!

thanh kiều anh Hiệp Gà nhá chừng nào có nhiều time vào 4rum sẽ đóng góp nhìu hơn bi h ko có tiem nen chỉ đành như người khách tham quan vậy
sr anh em

Ráng up nhiều bài đi. Trên 100 bài có ích sẽ được tặng Huân chương vì sự nghiệm phát triển của nhóm, trên 1000 bài có ích sẽ đc trao Huân chương lão ruồi cao quý có in hình Morgan làm kỉ niệm.

tranh thủ lúc còn onl để post bài spam tí ~~ mà nghĩ sao vậy tui là người hok có máy ko mạng ko tiền ko ... nhiều thứ mà bắt post 1000 bài chừng nào ông được 1k bài đi tui sẽ cố gắng đc 100

OK. Vì chỉ mới có 2 loại Huân chương nên mới quy định thế. Mai mốt hợp lại sẽ bàn quyết định chuyện này sao.